Monotípico (del Hoyo, 2020:169)
La monofilia del orden Cuculiformes se encuentra sólidamente respaldada. Este orden, relativamente poco diverso, comprende una única familia, Cuculidae, que a su vez se subdivide en cinco subfamilias (Sorenson & Payne, 1997:91; Hughes, 2020): Cuculinae (cucos típicos y malkohas), Neomorphinae (cucos terrestres del Nuevo Mundo), Crotophaginae (anis), Centropodinae (coucales) y Couinae (couas y cucos terrestres asiáticos). Dentro de esta estructura taxonómica, el género Coccyzus, que agrupa a los “cucos americanos” típicos, se integra plenamente en la subfamilia Cuculinae (Payne, 1997:91; Sorenson & Payne, 2005:91).
Dentro del género Coccyzus, compuesto por 13 especies (Banks et al., 2006:927; Hughes, 2006:483), el C. americanus se identifica como especie hermana del C. euleri (Cuclillo ceniciento) según evidencias tanto osteológicas (Hughes, 2020) como derivadas de secuencias de ADN mitocondrial (Hughes, 2006:485). Las similitudes en plumaje y morfología entre ambas especies fueron consideradas por Ridgway (1916:12) como suficientes para clasificar al C. euleri como una subespecie del C. americanus. Asimismo, el C. minor, cuya distribución abarca desde el sur de Florida y el norte de México hasta Sudamérica a través de las Antillas, constituye el linaje hermano del clado C. americanus + C. euleri (Hughes, 2006:486).