El estudio de la osteología craneal revela que esta especie es el miembro más divergente de Crotophagini (Posso & Donatelli, 2001:247). Los datos obtenidos corroboran la monofilia de Crotophaginae, indicando que «Guira guira» constituye el taxón más divergente y plesiomórfico, mientras que «Crotophaga ani» y «Crotophaga sulcirostris» presentan una relación de parentesco más cercana entre sí que con el «Crotophaga major» (Payne & Kirwan, 2020). Esta especie es considerada monotípica (Erritzøe, 2012:101; Short, 1975:231; del Hoyo, 2020:163).