Se distribuye en México, Bolivia y Misiones, Argentina; En Brasil, Santa Catarina, Paraná, Sao Paulo, Rio de Janeiro, Espirito Santo, Minas Gerais, Bahia, Pernambuco, Goiás y Mato Grosso (Sick, 1997)
En Argentina:
En Misiones existen 3 registros en el P. N. Iguazú: registrado por primera vez el 28 de julio de 1988, mediante el hallazgo de un macho muerto (Castelino, 1990; Chébez, 1996; De la Peña, 1999). El segundo registro, es del el 24 de septiembre de 1993 (Moschione, 1993, obs. personal (citado en Barnett & Pearman, 2001: 98; Saibene et al., 1996: 37; De la Peña, 2016: 22-23) y el último es de marzo de 1997, en la confluencia de un afluente pequeño del río principal, en el mismo parque (Williams & White, 1997)
El 27 de marzo de 2012 se observó y fotografió, un ejemplar macho de Martín Pescador Enano en la Laguna Iberá, en el sector denominado arroyo Corriente. Este es el registro más austral de la especie, extendiendo así su distribución unos 450 km hacia el sur (Gonzales & Giraudo, 2014)
Hábitat: Pequeños arroyos , ríos y estanques con densas vegetaciones marginales, en densos bosques de galería y selva tropical, zanjas en plantaciones, agua abierta en pantanos, canales de marea en manglares. Más comunes en los hábitats sombreados, sólo el 2,5% de las observaciones en Colombia y Bolivia procedían de costas abiertas. Desde el nivel del mar hasta los 2600 msnm.
Ecorregiones: Selva Paranaense (Barnett & Pearman, 2001)